Number of pictures in XnView (resolu)
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Number of pictures in XnView (resolu)
Hello,
I ha ve 2 questions.
I have a problem for extract vignettes from learningset.
I have created my learningset and learningset random 200 with no problem.
1) Can we put some files with a number of organisms less than 30 without problem with analysis by PkId ?
I do analysis by PkId, copy files Analysis.txt in Pig results.
I extract with no problem by Image J.
But when I want to validate in XnView, I have only 9 pictures on 312 extracted.
2) Someone could help me please ?
----------- nireas110523d1a1_1-------------------------------------------------------
Line= 3
D:\\Zooscan_olivier\Zooscan_scan\_work\nireas110523d1a1_1\nireas110523d1a1_1_vis1.zip OPEN
Clear background
-------------------------------------------------------------------------
Extracted vignettes = 312
-------------------------------------------------------------------------
Label tp fp d total_predicted total_validated total_validated/total_vig (%) recall (%) contamination (%)
1 app 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
2 clad 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
3 chaet 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
4 cop 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
5 crust 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
6 gel 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
7 moll 0 0 0 0 1 0.076 0 NaN
8 ostr 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
9 pte 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
10 rad 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
11 mult 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
12 det_ 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
13 not_found 0 0 0 0 0 0 NaN NaN
SELECTED PROCESS : LOAD identifications from sorted vignettes
Existing identification folders
Analysis_20110609.tx nbvignettes= 0
annelida.ph nbvignettes= 0
badfocus nbvignettes= 1
chaetognatha.ph nbvignettes= 0
cnidaria.ph nbvignettes= 0
copepoda.sc nbvignettes= 0
Extract_to_folders_log.tx nbvignettes= 0
malacostraca.sc nbvignettes= 0
mollusca.ph nbvignettes= 1
urochordata.sph nbvignettes= 0
----------------------------------------------------------------
Image= nireas110523d1a1_1 deb= 0
----------------------------------------------------------------
!Item;Label;Area;Mean;StdDev;Mode;Min;Max;X;Y;XM;YM;Perim.;BX;BY;Width;Height;Major;Minor;Angle;Circ.;Feret;IntDen;Median;Skew;Kurt;%Area;XStart;YStart;Area_exc;Fractal;Skelarea;Slope;Histcum1;Histcum2;Histcum3;XMg5;YMg5;Nb1;Nb2;Nb3;Compentropy;Compmean;Compslope;CompM1;CompM2;CompM3;Symetrieh;Symetriev;Symetriehc;Symetrievc;Convperim;Convarea;Fcons;ThickR;Tag;Elongation;Range;MeanPos;CentroidsD;CV;SR;PerimAreaexc;FeretAreaexc;PerimFeret;PerimMaj;Circexc;CDexc;Nb1norm;Nb2norm;Nb3norm;Convareanorm;convpermnorm;Ident;Status;pred_Bagging_1;pred_valid_Id_20110610_0843
1;nireas110523d1a1_1;2069;193.204;33.498;241;134;243;22.7663;53.3502;22.9727;53.1808;259.22;2520;86;49;102;87.7778;30.0114;111.734;0.38693;104.139;399739;190;-0.00283509;-1.36366;0;2536;86;2069;1.11601;126;0.148317;163;189;226;0;0;1;1;1;0;0;0;0;0;0;4.11237;4.14476;3.84013;3.87411;298;2894;11.007;2.09202;1;2.92481;109;-0.456844;0.266953;17.3381;30.7321;5.69887;2.28947;2.48917;2.95314;0.38693;0.00586887;0.000483325;0.000483325;0.000483325;1.39874;0.144031;Annelida.Ph;Sample;Copepoda.Sc;not_found
2;nireas110523d1a1_1;1200;239.682;18.4026;255;156;255;20.2817;19.165;20.2952;18.8629;132.61;8186;94;40;40;39.6958;38.4899;32.2986;0.857507;42.5441;287619;241;-2.32011;6.4955;34.9167;8200;94;781;1.22783;132;0.159542;231;236;240;0;0;2;2;4;0;0;0;0;0;0;1.55875;1.60917;3.14663;3.20381;156;1361;37.2598;2.11765;1;1.03133;99;-0.154722;0.302381;7.67789;18.5884;4.74516;1.52235;3.11701;3.34066;0.558094;0.01082;0.00166667;0.00166667;0.00333333;1.13417;0.13;Annelida.Ph;Sample;Mollusca.Ph;not_found
etc (...)
1320;nireas110523d1a1_1;1390;220.665;23.7412;255;148;255;40.7259;48.7691;41.4673;49.4288;406.032;19766;4683;100;75;69.9399;25.3046;145.375;0.105951;117.201;306725;226;-0.737804;0.0109549;8.63309;19780;4683;1270;1.2174;229;0.138321;201;222;235;0;0;3;5;2;0;0;0;0;0;0;7.38058;7.15863;10.6969;10.4784;346;4637;17.2428;4.08571;1;2.76391;107;-0.320883;0.99238;10.7589;22.188;11.3935;3.28873;3.46441;5.80544;0.0968042;0.0278469;0.00215827;0.00359712;0.00143885;3.33597;0.248921;Annelida.Ph;Sample;Urochordata.SPh;not_found
1321;nireas110523d1a1_1;846;207.136;33.7435;238;104;243;24.1005;14.8712;24.1347;14.7365;155.924;21941;4688;55;30;53.527;20.1237;17.3029;0.437275;57.0088;175237;220;-1.00353;0.133474;0;21982;4688;846;1.07261;51;0.0815057;185;219;235;0;0;2;2;2;0;0;0;0;0;0;2.7831;3.10816;1.74597;1.80444;166;1245;2.18201;2.94118;1;2.6599;139;-0.258015;0.138931;16.2905;24.2759;5.36077;1.96;2.73509;2.913;0.437275;0.00477654;0.00236407;0.00236407;0.00236407;1.47163;0.196217;Annelida.Ph;Sample;Mollusca.Ph;not_found
1322;nireas110523d1a1_1;3314;144.71;64.7457;239;48;243;43.0453;54.0178;43.6848;54.4855;387.931;21681;4697;99;91;100.5;41.9853;151.453;0.276728;114.215;479570;120;0.294589;-1.49222;0;21694;4697;3314;1.15894;183;0.179468;87;119;217;0;0;1;1;1;0;0;0;0;0;0;3.67547;3.67924;3.03196;3.12743;376;4961;27.9637;1.71429;1;2.39369;195;-0.50405;0.792293;44.7416;33.2029;6.73873;1.98402;3.39651;3.86002;0.276728;0.0137629;0.00030175;0.00030175;0.00030175;1.49698;0.113458;Annelida.Ph;Sample;Malacostraca.Sc;not_found
I ha ve 2 questions.
I have a problem for extract vignettes from learningset.
I have created my learningset and learningset random 200 with no problem.
1) Can we put some files with a number of organisms less than 30 without problem with analysis by PkId ?
I do analysis by PkId, copy files Analysis.txt in Pig results.
I extract with no problem by Image J.
But when I want to validate in XnView, I have only 9 pictures on 312 extracted.
2) Someone could help me please ?
----------- nireas110523d1a1_1-------------------------------------------------------
Line= 3
D:\\Zooscan_olivier\Zooscan_scan\_work\nireas110523d1a1_1\nireas110523d1a1_1_vis1.zip OPEN
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Extracted vignettes = 312
-------------------------------------------------------------------------
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etc (...)
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Last edited by olivier on Thu Jun 16, 2011 9:24 am; edited 1 time in total
olivier- Posts : 4
Join date : 2011-06-09
News on my problem
Ca fait une semaine que je cherche desesperement une solution.
Apres avoir essaye toutes les options et combinaisons possibles qui me sont passees par la tete, apres avoir recommence mon Learnset 3 fois, j'ai fini par installer et reinstaller les dernieres versions de ImageJ, Plankton Identifier et XnView.
Total: Je n'ai plus aucune image d'extraite.
De plus j'ai le message suivant qui apparait apres avoir lance ImageJ / EXTRACT vignettes in folders according to prediction / Extract vignettes from all dat1.txt files in Pid_results folder
Index (1) out of 0-0 range in line 274.
imagedat = entete [collabel <]>;
Voici ce que windows debug affiche:
"7.05"
"2011/02/20"
"C:\Zooscan\ D:\\Zooscan_olivier"
array[2]
"C:\Zooscan\"
"D:\\Zooscan_olivier"
19
4
"olivier"
"D"
0
70
" "
2400
"Resolution differs from settings in files : "
0
100
"jpeg=100 file=.xls"
205
1
1.1000
0
10
0
1000000
"1"
1
0
0
"1"
0
0
0
0
0
4
1000
0.3000
"unused"
array[8]
"D:\\Zooscan_olivier\Zooscan_results\"
"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Sorted_vignettes\\20110610_1443_to_validate\"
"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Pid_results\"
"C:\Zooscan\Zooscan_temp\"
"D:\\Zooscan_olivier\\Zooscan_scan\\_work\"
"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Pid_results\\Dat1_extracted\"
1
"20110610_1443"
0
1
array[18]
18
8
0
0
array[10]
array[18]
" "
5
-1
0
0
"Analysis_20110610_nireas110523d1a4_1_dat1.txt"
array[6]
array[1000]
array[3]
array[5]
array[3]
"pred"
"Extract all vignettes"
0
1
1
"Extract vignettes from all dat1.txt files in Pid_results folder "
"2400.0"
0
1
1.1000
0
0
0
0
"jpeg"
"value=1.1"
11
0.0106
0
1
"0"
243
0
9999
"20110610_1443_to_validate"
1
array[0]
array[10]
10
1
array[8]
"Analysis_20110610_nireas110523d1a2_1_dat1.txt"
"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Pid_results\\Dat1_extracted\Analysis_20110610_..."
"[Image] | Scanning_date= 20110603_1437 | Scanning_area= large | Vuescan_version= 8.4.5..."
array[1789]
1789
""
"tabs"
""
array[1]
72
"pred_Bagging_1"
1
"nireas110523d1a1_1"
Apres avoir essaye toutes les options et combinaisons possibles qui me sont passees par la tete, apres avoir recommence mon Learnset 3 fois, j'ai fini par installer et reinstaller les dernieres versions de ImageJ, Plankton Identifier et XnView.
Total: Je n'ai plus aucune image d'extraite.
De plus j'ai le message suivant qui apparait apres avoir lance ImageJ / EXTRACT vignettes in folders according to prediction / Extract vignettes from all dat1.txt files in Pid_results folder
Index (1) out of 0-0 range in line 274.
imagedat = entete [collabel <]>;
Voici ce que windows debug affiche:
"7.05"
"2011/02/20"
"C:\Zooscan\ D:\\Zooscan_olivier"
array[2]
"C:\Zooscan\"
"D:\\Zooscan_olivier"
19
4
"olivier"
"D"
0
70
" "
2400
"Resolution differs from settings in files : "
0
100
"jpeg=100 file=.xls"
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"1"
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"1"
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0.3000
"unused"
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"D:\\Zooscan_olivier\Zooscan_results\"
"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Sorted_vignettes\\20110610_1443_to_validate\"
"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Pid_results\"
"C:\Zooscan\Zooscan_temp\"
"D:\\Zooscan_olivier\\Zooscan_scan\\_work\"
"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Pid_results\\Dat1_extracted\"
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" "
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array[3]
"pred"
"Extract all vignettes"
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"Extract vignettes from all dat1.txt files in Pid_results folder "
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10
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"D:\\Zooscan_olivier\\PID_process\\Pid_results\\Dat1_extracted\Analysis_20110610_..."
"[Image] | Scanning_date= 20110603_1437 | Scanning_area= large | Vuescan_version= 8.4.5..."
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1789
""
"tabs"
""
array[1]
72
"pred_Bagging_1"
1
"nireas110523d1a1_1"
olivier- Posts : 4
Join date : 2011-06-09
Solution
Use Zooprocess 7.06 and open .pid with Wordpad to replace NaN by 1.
olivier- Posts : 4
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